服务于公共卫生目标的SARS-CoV-2基因组测序 临时指导

关键信息：

• 对SARS-CoV-2基因序列和相关元数据的全球监测有助于应对COVID-19疫情。这包括跟踪SARS-CoV-2随时间推移的地理传播，并确保及时发现和评估可能影响致病性、传播或应对措施（如疫苗、治疗方法和诊断工具）的各种突变。

• 尽管基因测序的成本和复杂性随着时间的推移已经大大降低，有效的测序规划仍然需要在工作人员、设备、试剂和生物信息基础设施方面进行大量投资。此外，需要有效的协作，以确保生成的数据是高质量的，并以有意义的方式加以使用。

• 鼓励各国迅速将SARS-CoV-2序列储存在公共数据库中，以便与科学界共享，服务于公共卫生目的。对SARS-CoV-2分级全球测序网络的投资，将有助于开发具有应变能力、高质量的全球测序规划，用于未来其他疫情病原体的发现和管理。

背景

在过去十年中，病原体的基因序列数据（GSD）在传染病疫情的发现和管理方面发挥了关键作用，支持着诊断工具、药物和疫苗的开发并为疫情应对提供信息(1–11)。随着新型冠状病毒（后续被命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2））的出现，GSD的重要性进一步得到强调。在首次识别SARS-CoV-2病毒后的一年内，超过28万个全基因组序列通过可公开访问的数据库得以共享(12)。近实时的数据分析直接影响了公共卫生应对措施(12–16)。表1列出了SARS-CoV-2基因组测序的各项公共卫生目标。

人们越来越了解序列信息如何有助于改善公共卫生，这推动了全球对测序设施和规划的投资。生成GSD的成本和复杂性的下降为扩大测序能力提供了机会；然而，广泛实施的挑战依然存在，测序能力和数据在世界各地分布不均，高收入国家的SARS-CoV-2 GSD比例过高。

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