妇女怀孕周数、生产方式影响婴儿肠道益菌建立的速度。新加坡临床科学研究所指出，怀孕足周及自然产的孩子体内益菌系统发展比较早。
新加坡临床科学研究所研究员乔安那霍布克指出，婴儿早期所处的环境，也就是母体的状况影响体内肠道菌的建立，在母体较久与自然产的婴儿，益菌形成体内菌丛的速度明显较快。
在先天的菌丛之外，人体还是可以补充好菌。好菌通常是指比菲得菌、乳酸杆菌等乳酸菌群。用餐後，胃部的酸度较低，这样乳酸菌比较能够活著通过胃部，到达肠道。
人的肠道中估计有一百兆以上的细菌，有好菌，也有坏菌，也有骑墙派的伺机菌，还有无关痛痒的菌。在肠道中，这些细菌的组成称为「肠道菌相」。菌相是动态的、反映体的状况，同样的，肠道菌相的变动，也影响身体的状况。
外来药物也会影响体内益菌的平衡。抗生素疗程在患者细菌感染时大都难以避免，但有些患者因抗生素杀光益菌，影响菌丛平衡状态，往後体内酵母菌大量繁殖，等同真菌感染，又需额外使用抗真菌药物治疗。尤其广谱性抗生素久用後常影响肠胃益生菌平衡；久用或滥用後，体质也会改变。
当缺乏益菌制衡，有些患者出现酵母菌感染，主要因为服用抗生素，引发菌丛失衡，导致原本其它菌种大量繁殖，出现健康问题。 【记者万博超／综合外电报导】
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