疾病预防控制工作区域绩效考核主要评价区域政府加强公共服务，贯彻执行国家疾病预防控制相关法律法规、政策规划，加强辖区公共卫生服务，推进疾病预防控制工作，实现国家规划目标，促进辖区居民人人享有健康的情况。
疾病预防控制工作区域绩效考核指标包括：传染病预防控制、慢性非传染性疾病预防控制、突发公共卫生事件处置、健康危害因素监测评价与干预、健康教育和健康促进、运行保障等6个类别18个指标。适用于省、市、县级行政区域中上级政府对下级政府，或本级政府疾病预防控制工作的绩效考核；适用于创建国家卫生城镇、健康城市，促进基本公共卫生服务逐步均等化和人人享有初级卫生保健等有关区域考核中对疾病预防控制工作的评价；适用于区域执行医改政策和《财政支出绩效评价管理暂行办法》对公共财政支出卫生疾病预防控制有关项目绩效评价。
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