2012年以来，安徽省全面推进县级公立医院综合改革，着力建立维护公益性、调动积极性、保障可持续的新机制。
一是完善运行补偿机制。全面实行药品零差率销售，由此减少收入的25%由省级财政补助，其余通过收取诊察费补偿，诊察费由医保报销，不增加患者负担。2013年，省级财政拨付144家县级医院补助资金2.5亿元。降低大型设备检查治疗价格，提高诊疗、护理、手术等项目价格。
二是完善财政保障机制。县级财政将县级医院离退休人员费用纳入年度预算，足额及时拨付；将基本建设、大型设备购置等发展建设支出纳入预算，逐年统筹安排。县级医院2012年底前形成的长期债务，纳入同级政府性债务统一管理。
三是建立竞争性的人事制度。重新核定县级医院岗位编制，实行按需设岗、竞聘上岗、按岗聘用、合同管理。县级医院在空余岗位内新进的人员，实行“新人新制度”，在职称评聘、工资福利、进修培训、考核奖励等方面与在编在岗人员享有同等待遇，探索建立养老保险制度和职业年金制度。
四是建立激励性的收入分配制度。实行绩效工资制度，奖励性绩效工资占绩效工资比重一般不低于60%，人员经费占总支出的比例原则上不低于35%。实行“双考核、双挂钩”，对县级医院的考核结果与财政补助、院长收入、人员经费占总支出比例等挂钩，医院对职工的考核结果与职工的奖励性绩效工资、奖励基金发放挂钩。
五是建立现代医院管理制度。建立县级公立医院管理委员会，负责医院重大决策；医管会办公室设在卫生部门，承担医管会日常工作，监督医院日常运行，开展绩效考核；县级财政部门负责资产管理、财务监管。落实医院自主经营管理权，赋予医院人事管理、收入分配等6项权力。建立院长选聘制和任期目标制，实行院长负责制和年薪制，院长年薪由财政部门根据考核结果安排。
六是完善药品、耗材、器械采购机制。统一基本用药目录，县级医院基本用药统一为1118种，基药采购金额占总采购金额的比例不低于80%。县级医院药品按照“量价挂钩、招采合一、双信封制”的办法，由省集中招标采购。将全省公立医院药品、耗材、器械全部纳入招标采购范围，保证质量，控制价格。
通过改革，初步实现了预想的目标。一是群众看病负担减轻。2013年县级医院药品价格和次均门急诊药品费用同比下降5%，次均住院药品费用下降10%。二是医院服务效率得到提升。2013年县级医院门急诊人次同比增长10%，出院人次增长5%。三是药品集中采购取得实效。省集中招标采购的中标价比医院自行采购价下降10%左右，2013年节约采购费用约6.4亿元。
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